Mikroorganizmlar tuproq ekologiyasida muhim rol o'ynaydi. Ular tuproqdagi organik moddalarni parchalash orqali ozuqa moddalarining aylanishiga yordam beradi. Tuproqning har bir gramida 10 milliondan 1 milliardgacha bakteriya, bir necha million zamburug' sporalari va ko'plab boshqa mikroorganizmlar mavjud