Mikroorganizmlarning oziqlanish strategiyalari turlicha bo‘lib, ular o‘zlarining atrof-muhitda mavjud bo‘lgan oziq moddalaridan foydalanish yo‘llarini tanlaydilar. Avtotrof mikroorganizmlar anorganik moddalar, masalan, karbonat dioksid va suvdan organik moddalar sintez qilish uchun quyosh yoki kimyoviy energiyadan foydalanadilar. Geterotrof mikroorganizmlar esa tayyor organik moddalarni iste'mol qiladilar