Mikroorganizmlarning zamonaviy sistematikasi molekulyar genetika usullaridan foydalangan holda organizmlarni aniqlash va tasniflashga qaratilgan. DNK sekvenslash, 16S rRNA gen tahlili kabi texnologiyalar mikroorganizmlar orasidagi filogenetik munosabatlarni aniqlash uchun ishlatiladi