Organik birikmalarni o'zgartirish biotexnologiyasi fermentlar yoki mikroorganizmlar yordamida kimyoviy tuzilishini o'zgartirishni o'z ichiga oladi. Bu jarayon 2-darajali metabolitlarni ishlab chiqarish, dori sintezida xiral markazlarni yaratish va ifloslantiruvchi moddalarni detoksifikatsiya qilishda qo'llaniladi