Zamonaviy filogenetik tadqiqot metodlari DNK, RNK va proteinlar ketma-ketliklarini tahlil qilish orqali turli organizmlarning evolyutsion tarixini o'rganishga imkon beradi. Molekulyar filogenetika usullari orasida nukleotid ketma-ketliklarini taqqoslash, maksimum parsimoniya, bayes probabilistik analiz va maksimum likelihood kabi statistik yondashuvlar mavjud