Bojxona nazoratining asosiy printsiplari muvofiqlik, aniqlik, to'liq hisobini yuritish, qonuniylik va oshkoralikni o'z ichiga oladi. Xalqaro standartlarga muvofiq ish yuritish, bojxona deklaratsiyalari va boshqa hujjatlarni to'ldirish, risklarni boshqarish tizimlari va avtomatlashtirilgan bojxona formalizmlari milliy xavfsizlikni ta'minlashga xizmat qiladi