Bojxona organlarining asosiy vazifalari yuridik va jismoniy shaxslarning huquqlari hamda qonun bilan muhofaza etiladigan manfaatlarini himoya qilish; O‘zbekiston Respublikasi iqtisodiy manfaatlarini ta’minlash va xavfsizligini qo‘riqlash; bojxona siyosatini ishlab chiqish va amalga oshirishda ishtirok etish; qonun hujjatlariga rioya etilishini nazorat qilish; bojxona to‘lovlarini undirish; tovarlar va transport vositalarini bojxona nazoratidan o‘tkazish; kontrabanda va qonun buzilishlarining oldini olish.