MDHning umumiy tuzilishi doimiy organlardan va muvofiqlashtiruvchi tuzilmalaridan iborat. Asosiy organlari: Davlat rahbarlari Kengashi, Hukumat rahbarlari Kengashi, Tashqi ishlar vazirlari Kengashi, Ijroiya qo‘mitasi, MDH Parlamentlararo Assambleyasi, Iqtisodiy Kengash va Gumanitar Hamkorlik Kengashi