Molekulalar konfiguratsiyasi molekulalardagi atomlarning fazoviy tartibini belgilaydi va ularning kimyoviy xossalariga ta'sir qiladi. Bu tushuncha chiral molekulalar, stereokimyoviy o'zgarishlar va izomerlar bilan bog'liq. Molekulalar konfiguratsiyasini belgilash uchun R/S va E/Z nomenklaturasi qo'llaniladi