Alisher Navoiy 1441-yil 9-fevralda Amir Temurning o'gli Shohruh Mirzo shohligi davrida Hirotda tug'ildi. Zamondoshlari uning haqida ko'pincha "Nizomiddin Mir Alisher" deb yozadilar. 'Nizomiddin"-din--diyonat nizomi degani bo'lib, donishmand mansab egalariga beriladigan sifat, "mir" - amir demakdir. Uning otasi G`iyosiddin Muhammad (uni G`iyosiddin Kichkina ham der edilar) temuriylar saroyining amaldorlaridan, xonadonning ishonchli kishilaridan edi. Onasi amirzoda Shayh Abusaid Changning qizi bo`lgan, ismi ma`lum emas. Alisherning bobosi Temurning o`g`li Umarshayx bilan emikdosh (ko`kaldosh) bo`lgan ekan.