Ashtarxoniylar davrida davlat tizimi va boshqaruv shayboniylar davridagidan deyarli farq qilmas edi. Davlatning ichki va tashqi siyosatiga doir masalalar Xon ixtiyori bilan hal qilinardi. Buxoro xonligi ma'muriy jihatdan viloyatlarga, viloyatlar tumanlarga bo'linib boshqarilgan