Diniy ekstremizmning tarixi uzoq tarixga ega bo'lib, turli davrlarda va joylarda turli shakllarda namoyon bo'lgan. Bu harakatlar ko'pincha siyosiy, ijtimoiy va iqtisodiy omillarga ko'ra shakllanadi. O'rta asrlar davrida inkvizitsiya va salib yurishlari diniy ekstremizmning bir ko'rinishi bo'lgan. 20-asrda ekstremistik harakatlar global miqyosda o'sdi