Elektron mikroskopiya tibbiyotda hujayra va to'qimalar strukturasini chuqur o'rganish uchun muhim vosita. Viruslar, bakteriyalar va boshqa mikroorganizmlarning tuzilishini aniqlash, organ o'zgarishlarini diagnostika qilish, hujayra ichidagi organoidlarni tadqiq qilish va patologik jarayonlarni aniqlashda qo'llaniladi