Qo‘qon xonligining ijtimoiy tuzilishi qat’iy tabaqalashtirilgan edi. Jamiyat quyidagi asosiy qatlamlardan iborat bo‘lgan:1.Hukmdor tabaqasi – Xon va uning oilasi, shuningdek, davlat boshqaruvidagi yuqori mansabdorlar (qozikalon, devonbegi, ataliq, mingboshi, parvonachi va boshqalar). Xon mutlaq hukmron bo‘lib, barcha muhim qarorlarni qabul qilgan.2.Diniy ulamolar va sud tizimi vakillari – Ular shar’iy sud ishlarini olib borar, shariat qonunlariga asoslangan hukmlar chiqarar edi. Ulamolar xonlikda muhim ijtimoiy va siyosiy rol o‘ynagan.3.Harbiy tabaqa – Asosan qo‘shinning yirik sarkardalari va oddiy askarlardan iborat bo‘lib, xonlikni tashqi va ichki tahdidlardan himoya qilishda asosiy kuch bo‘lgan.4.Savdogarlar va hunarmandlar – Shahar hayotining muhim qismi hisoblangan. Qo‘qon, Marg‘ilon, Andijon, Namangan kabi yirik savdo va hunarmandchilik markazlarida to‘qimachilik, kulolchilik, metallurgiya, yog‘ochsozlik rivojlangan.5.Dehqonlar va chorvadorlar – Jamiyatning eng katta qismini tashkil qilgan. Dehqonchilik Farg‘ona vodiysining unumdor yerlarida rivojlangan bo‘lib, sug‘orma dehqonchilik keng tarqalgan. Chorvadorlar esa asosan vodiyning tog‘li va cho‘l hududlarida yashagan.6.Qullar va tobe xalq – Xonlikda asosan urushlarda asir olingan odamlar qullikda saqlangan. Shuningdek, qozoq, qirg‘iz, turkman kabi ko‘chmanchi qabilalar xonlikka bo‘ysundirilgan va ular xonga soliqlar to‘lab turgan.